【専門家が解説】会社売却・事業売却で発生する税金とは？｜弁護士法人朝日中央綜合法律事務所

はじめに

　M&A（会社売却・事業売却）は、経営者にとって人生を左右する大きな決断であり、同時に大きな利益を得るチャンスでもあります。
　しかし、この大きな利益には、避けて通れない「税金」の問題が伴います。売却価格が数億円に上っても、適切な税金対策を講じなければ、想定していた「手取り額」が大幅に減ってしまうケースは少なくありません。

　会社売却における税金は、売却の方法（株式譲渡か事業譲渡か）、売り手が個人か法人かによって、税金の種類、税率、計算方法が大きく異なります。そのため、「なんとなく」で進めてしまうと、思わぬところで税負担が増大するリスクを負ってしまうのです。
　本記事では、M&Aを検討されている皆様が安心して交渉を進められるよう、税金に関する基礎知識から、具体的な節税対策までをわかりやすく解説します。

そもそも会社売却とは

　会社売却とは、オーナー（もしくは株主）が保有する会社の株式や、事業資産・営業権などを第三者等に譲渡することを指します。
　特に後継者不在などが原因で、会社・事業を第三者に売却するケースが多く、これは「事業承継」の一環として位置づけられることが一般的です。

• 株式譲渡型（株式売却）：株主が保有株式を譲渡する
• 事業譲渡型：会社が保有する資産・負債を切り出して譲渡する
• 会社分割・合併を用いたスキーム：事業を分割・整理してから売却する

　株式譲渡型と事業譲渡型とで税務上の取り扱いやリスク・メリット・負担が異なるため、売却形態の選択は税務面・法務面の両面から慎重に検討する必要があります。
　また、会社売却を考える際には、以下の点が重要になります。

• 売却価額の妥当性・買主の探索
• 税金・節税対策の事前検討
• 契約内容（対価の支払方法、表明保証、クロージング条件等）
• 譲渡後の負債・訴訟リスクの整理
• 売却スケジュールと申告・納税タイミングの把握

　本記事では、特に「会社売却で発生する税金（個人／法人）」と「節税対策のポイント・計算方法」に焦点をあて、実務的な注意点も交えつつ解説していきます。

第1章 会社売却の基本スキーム別にかかる税金の種類

　会社や事業の売却（M&A）において、売却益にかかる税金は、売却方法が「株式譲渡」または「事業譲渡」のどちらか、売却するのが個人か法人かによって大きく異なり、納める税金の種類や税率が全く違ってきます。
　この違いを理解することが、節税対策の第一歩です。

1-1. 株式譲渡の場合：個人株主と法人株主の税金

　株式譲渡は、会社のオーナーが保有する会社の株式を買い手に譲渡する手法です。この場合、譲渡の対象となる会社の法人格はそのまま存続し、株式の売却代金を受け取るのが「売り手である株主」となります。

(※1) 個人株主の場合の税率の内訳

　株式の譲渡所得（売却金額から株式の取得費や売却にかかった譲渡経費を差し引いた「譲渡益」）に対して、他の所得（給与など）とは別に税額を計算する申告分離課税が適用されます。

• 所得税：15%
• 住民税：5%
• 復興特別所得税：0.315%（2037年まで）
• 合計：20.315%（2025年現在）

　この税率は譲渡対象となる会社が上場企業か非上場企業かを問わず原則として同様に適用されます。なお、上場株式等に係る譲渡損失との損益通算はできません。

「取得費」の考え方と概算取得費の特例

　譲渡所得を計算する上で、税金の金額に影響を与える要素の一つが「取得費」です。取得費が高いほど、譲渡所得が圧縮され、結果として納税額が少なくなり、手取り額が増加します。

① 取得費の原則的な考え方

　取得費は、株主がその株式を最初に取得したときの価額（出資金、購入代金など）です。原則として、これを証明する以下のような資料が必要です。

• 会社の設立時の出資額に関する資料
• 過去にM&Aなどで株式を買い取った際の契約書や支払いの記録

　非上場企業の場合、過去の資料が残っていないケースも少なくありません。

② 取得費が不明な場合の「概算取得費の特例」

　株式の取得費が不明な場合や、過去の資料が散逸している場合に適用できるのが「概算取得費の特例」です。
　この特例を適用すると、実際の取得費に関わらず、譲渡収入金額（売却価額）の5%を取得費として計上することができます。
　譲渡所得計算の際は、①実際の取得費と②売却価額の5%（概算取得費）のどちらが有利か判断する必要があります。

(※2) 法人株主の場合の税率

　法人が得る株式の譲渡益は、「株式の売却代金 － 譲渡株式の帳簿価額(取得価額)」で計算されます。この譲渡益は本業の利益など他の所得と合算して課税される総合課税が適用され、法人税等の実効税率（国税と地方税の合計）である約30%が課税されます。（2025年現在）
　なお、課税所得が800万円以下の中小法人の実効税率は約22％が目安です。
　株式の売却によって損失が生じた場合には、他の所得と損益通算が可能です。つまり、売却損を他の事業利益と相殺することで、法人全体の課税所得を減らすことができます。
　また、法人による株式売却において重要なのが、消費税の課税対象かどうかという点です。結論から言えば、株式の譲渡は「非課税取引」に該当します。
　これは、「有価証券の譲渡」が消費税の課税対象外とされているためです。
　一方で、下記に記載する事業譲渡（資産や営業権、従業員の移転など）の場合は、その譲渡対象の中に課税資産（例えば商品、設備、備品など）が含まれていれば、課税取引として消費税が発生するケースがあります。

　【ポイント】オーナー経営者が個人として株式を譲渡する場合、税率が一律で20.315%となる一方、法人株主による株式売却は法人全体の決算・税務計画に直結します。
　売却益の処理方法、損益通算、消費税の扱いなどは複雑な判断を伴うため、早い段階で弁護士・税理士が連携してスキームを設計することが重要です。

1-2. 事業譲渡の場合：譲渡企業にかかる税金

　事業譲渡は、会社が営む事業全体または一部の個別の資産や負債を買い手に譲渡する手法です。この場合、売却代金を受け取るのは会社（法人）そのものとなります。

売り手が個人事業主の場合

　事業譲渡に関して、譲渡資産に不動産が含まれる場合は、買い手側に、不動産取得税・登録免許税などの税金が課税されます。

　※株式譲渡型の会社売却では、会社自体が所有する不動産の名義はそのまま残るため、名義変更を伴わず、不動産取得税は発生しません。

　【ポイント】事業譲渡では、会社が得た売却益に対して法人税が課税された後、その利益をオーナー個人が受け取る際（役員報酬や配当金、解散時の残余財産分配など）に、さらに個人の所得税などが課税されるため、二重課税の負担が発生する点に注意が必要です。

1-3. 【例外】自己株式の取得（発行法人へ譲渡）の場合の税金

　オーナー経営者が保有する株式を、発行した会社自身（自社）に譲渡することを「自己株式の取得（自社株買い）」といいます。事業承継対策などで利用される手法ですが、通常の第三者への譲渡とは税金計算が根本的に異なります。
　会社が自己株式を取得する場合、株主が受け取る対価のうち、資本金等の額を超える部分については「実質的な利益の分配」とみなして（＝「みなし配当」）課税する仕組みです。この「みなし配当」は、配当所得課税の対象となります。
　つまり、自社株買いでは「株式の売却益の一部」が配当所得として課税され、残りが譲渡所得の対象として扱われるという二重構造になります。このみなし配当所得の扱いは、売り手の株主が個人の場合は所得税・住民税による配当課税、法人の場合は益金不算入の可否など、それぞれ異なるルールが適用されるため、それぞれ分けて解説します。

　みなし配当額の金額
　＝ 売却対価の額 −（資本金等の額に対応する金額）
　資本金等の額に対応する金額
　＝ 会社の資本金等の額 ×（売却した株式数 ÷ 発行済み全株式数）

① 個人株主の場合

　個人株主が法人の自己株式の買い取り（自社株買い）に応じた場合、譲渡による売却対価のうち「みなし配当」に該当する部分には配当所得課税が適用されます。
　みなし配当にかかる税率は、下記の通り自己株式の買い取りを行った法人が上場企業か非上場企業によって取り扱いが異なります。

　個人が株式を発行法人へ譲渡する場合、通常の株式譲渡（20.315%）に比べ、総合課税により税率が大幅に高くなる可能性がありますが、総合課税の場合には配当控除による軽減を受けることが可能です。選択適用に関しては、所得水準や他の収入との兼ね合いによりどちらが有利になるかの判断を慎重に行う必要がありますので、専門家による検討が必要です。

② 法人株主の場合

　法人株主が他社の自己株式の買い取りに応じた場合、みなし配当部分は法人の受取配当金として収益に計上されます。ただし、一定の条件を満たす場合には「受取配当金の益金不算入」の適用を受けることができます。
　この制度は、法人が受け取った配当のうち一定割合を益金に算入しない（課税対象から除外する）仕組みであり、課税の二重化を防ぐ目的で設けられています。
　保有割合に応じた益金不算入の範囲は以下のとおりです。

　たとえば、発行会社の株式を40％保有している法人が自社株買いに応じた場合、受け取ったみなし配当額の全額が益金不算入となり、実質的に法人税の負担が生じません。一方、保有割合が小さい場合には一部が課税対象となるため、持株比率によって税負担が大きく変動する点に注意が必要です。
　また、法人株主の場合も、みなし配当と譲渡損益を正確に区分して会計処理を行う必要があります。処理を誤ると過少申告や二重課税につながるおそれがあるため、実務上は税理士と連携した決算対応が求められます。

　【ポイント】株式の発行法人への譲渡では「みなし配当」の判定と課税方法が極めて重要です。個人・法人いずれの場合も、株式売却の形態によって課税関係が大きく変わるため、事前に専門家によるシミュレーションを行い、最適なスキームを選択することが不可欠です。

第2章 会社売却の際に有効な税金対策・節税方法

　会社売却に係る税金は、売却額が大きくなるほど税負担も増加しますが、事前に売却形態や手法を検討し、計画的に進めることで、適法な範囲で税金を抑える節税策を講じることが可能です。
　売却を単なる「資産の譲渡」と捉えるのではなく、会社全体の再編スキームとして設計することが、結果的に大きな税務効果を生むケースがあります。
　以下では、実務でも用いられる代表的な節税方法を紹介します。

2-1.役員退職金を活用する（個人株主の節税）

　会社売却に際して、オーナー経営者が退任する場合には、役員退職金（役員退職慰労金）を支給することで節税効果を得られるケースがあります。
　退職金は、法人側では損金算入（経費計上）が可能であり、個人側では「退職所得控除」や「2分の1課税」などの優遇が受けられます。個人株主が退職金を受け取ることで、株式譲渡益として受け取るよりも、実質的な税率を大きく下げられる可能性があり、税負担を軽減することができます。

　ただし、退職金の金額が高額すぎる場合には「不相当に高額な部分」として損金不算入とされることがあり、支給理由や金額設定の妥当性を証明できるよう、議事録や算定根拠を明確に残しておくことが重要です。

2-2.【相続関係の特例1】相続財産を譲渡した場合の取得費加算の特例

　相続や遺贈によって取得した株式や不動産などの財産を譲渡する場合に、譲渡所得税を軽減できる特例です。

制度の概要

　相続によって財産を取得し、相続税を納付した場合、その納付した相続税額のうち一定額を、譲渡した財産の「取得費」に加算して所得税等の計算をすることができます。取得費が増えることで、譲渡所得（売却益）が圧縮され、譲渡所得税の納税額が軽減されます。

　譲渡所得＝譲渡収入金額 − (取得費 + 相続税額の加算額 + 譲渡費用)

適用要件（主なもの）

• 相続または遺贈で取得した財産であること。
• その財産を取得した者が、相続税を納付していること。
• 相続開始日の翌日から相続税の申告期限の翌日以後3年を経過する日まで（つまり相続開始日から3年10ヶ月以内）に売却すること。

　この特例は、相続後比較的短期間のうちに株式や事業の売却を行う場合に、大きな節税効果をもたらす可能性があります。

2-3.【相続関係の特例2】相続により取得した非上場株式をその発行会社に譲渡した場合の課税の特例

　1-2. で解説した通り、個人が発行会社へ株式を譲渡する自己株式の取得（自社株買い）は、原則として「みなし配当」が発生し、税率が累進課税（最高約55%）になるリスクがあります。しかし、相続により取得した非上場株式については、この高税率のリスクを回避できる特例があります。

制度の概要

　相続・遺贈により非上場株式を取得し、相続税を納付した者が、その相続税の申告期限の翌日以後3年を経過する日までに、その株式を発行会社に譲渡した場合に適用されます。この特例を適用すると、本来「みなし配当」として累進課税の対象となる部分も含め、譲渡対価の全額を「譲渡所得の収入金額」として扱うことができます。

　結果として、みなし配当による累進課税（最高約55%）を回避でき、一律20.315%の申告分離課税の税率が適用されます。

【ポイント】

　事業承継後の相続対策や、相続財産として非上場株式を受け継いだ後のM&Aにおいて、この特例は納税額を大幅に軽減し、より多くの手取り額を確保するために極めて重要な特例です。
　また、この特例は、前述の「取得費加算の特例」との併用も可能です。

適用手続（主なもの）

　特例を適用するためには、株式を譲渡する日までに、所定の届出書を会社に提出し、会社はその届出書を譲渡の翌年1月31日までに税務署に提出する必要があります。

2-4. 【事業承継対策】事業承継税制（個人の贈与）の活用

　M&Aは「出口戦略」ですが、その前段階として、将来の円滑な事業承継を目的とした「事業承継税制（非上場株式等に係る贈与税・相続税の納税猶予及び免除の特例）」も、オーナー経営者にとっては重要な制度です。

制度の概要

　後継者が非上場会社の株式等を贈与により取得し、一定の要件を満たすことで、本来支払うべき贈与税の納税が猶予される制度です。最終的に後継者が死亡するなどの要件を満たせば、納税が免除されます。

M&Aとの関連性

　この制度は、あくまで「承継」を目的としており、納税を猶予された株式を後継者が第三者に売却（M&A）した場合は、猶予されていた贈与税を全額支払う義務が発生し、さらに売却益に対する譲渡所得税（20.315%）も課税されます。
　したがって、事業承継税制は「事業承継を目的とする」か「M&Aを目的とする」かによって、戦略が大きく分かれるため、将来の出口戦略を見据えた上での制度選択が不可欠です。

2-5．会社分割を併用するなど買収側から需要のある資産だけを売却する

　会社全体ではなく、買い手にとって魅力のある事業や資産だけを譲渡したい場合には、会社分割（吸収分割・新設分割）を併用する方法が有効です。
　たとえば、本業とは関係のない不動産や有価証券を別会社に分割したうえで、買い手に本体事業だけを譲渡すれば、不要な資産や税負担を切り離すことができます。
　この方法は、組織再編税制の適用により、一定の要件を満たす場合は課税の繰延べ（課税の一時的な回避）が認められるため、節税効果が期待できます。
　ただし、適用要件や手続きは複雑で、税務上の「適格分割」と認められない場合には逆に大きな税負担を招くおそれがあるため、専門家の関与が不可欠です。

2-6. 繰越欠損金の活用（法人税の節税）

　事業譲渡（または法人株主による株式譲渡）を選択する場合、売却益は法人税等の課税対象となります。この法人税を抑える有効な手段が、繰越欠損金の活用です。

• 仕組み：過去に発生し、まだ控除しきれていない税務上の赤字（欠損金）がある場合、売却によって発生した譲渡益と相殺することができます。相殺によって課税所得が減少するため、法人税の納税額が軽減されます。

　中小企業の場合、原則として10年間の繰越が認められています。欠損金の有無と有効期限を事前に確認し、売却スキームを検討する際の重要な要素とすべきです。

第３章 知っておきたい税務上の留意点と専門家活用の重要性

　会社売却における税金は、その計算や特例の適用が非常に複雑であり、専門的な判断が不可欠です。想定外の税負担や税務リスクを回避し、M&Aを円滑に成功させるために、経営者が必ず知っておくべき留意点と、専門家活用の重要性について解説します。

3-1．税務調査リスクと「適正な価格」の重要性

　会社売却で発生する譲渡対価は高額になるため、税務署の関心も高くなります。特に以下のケースでは、税務調査のリスクが高まります。

① 不当に低い価格での譲渡（低額譲渡）

　オーナー経営者が親族や自身の資産管理会社など、特別な関係にある者（同族関係者）に対し、市場価格（時価）よりも不当に低い価格で株式を譲渡した場合、贈与税やみなし譲渡課税が発生する可能性があります。

• 時価の算定：非上場株式の時価算定は難しく、専門的な企業価値評価（バリュエーション）が必要です。
• リスク回避：税務リスクを避けるため、売却価格は必ず公正な第三者による評価に基づき設定しなければなりません。

② 役員退職慰労金の不相当な高額支給

　上記で解説した通り、役員退職金は節税効果が高いですが、「功績倍率法」などに基づき適正な水準を超えて支給されたと判断された場合、損金不算入とみなされ、会社の法人税が増加するリスクがあります。

3-2. 申告と納税の期限

　M&A後の申告・納税手続きを失念すると、延滞税や加算税といったペナルティが発生します。特に個人の株式譲渡の場合、売却代金を受領した翌年の確定申告時期を待たずに、受領した資金を使い込んでしまうと、納税資金が不足する事態になりかねません。資金計画には十分な注意が必要です。

3-3. 専門家へ相談すべき理由と活用のメリット

　複雑なM&Aの手法や税務を、経営者や経理担当者だけで完全に把握し、最適な対策を講じるのは困難です。専門家の協力のもと下記の事項について事前に検討し進めることが重要です。

• 最適なスキームの選択とシミュレーション：株式譲渡、事業譲渡、自己株式の取得など、複数の選択肢の中から、会社やオーナーにとって最も手取り額が最大化するスキームを事前にシミュレーションし、決定する。
• 特例の適用漏れの防止：相続時の取得費加算の特例など、有利な特例の適用要件を満たしているかを確認し、漏れなく活用する。
• 税務リスクの回避：適正な株価算定や退職慰労金の設定など、税務調査で否認されないための裏付けを整備する。
• 漏れなく手続きを行う：M&Aのプロセスに関連して、税務申告や届出書の作成・提出を期限までに行う。

　M&Aを成功させ、売却益を最大の手取りとして手元に残すためには、M&Aの経験が豊富な専門家に、交渉の初期段階から参画してもらうことが、最も賢明で確実な方法といえます。

M&Aの税金対策は「計画的な準備」が成功の鍵

　本記事では、会社売却・事業売却（M&A）における税金の基本から、手取りを最大化するための具体的な節税対策、さらには相続や事業承継に関わる重要な特例までを解説しました。
　M&Aの税金対策は、売却価格が決定してから慌てて考えるものではありません。M&Aの初期段階、できれば売却を検討し始めた段階から、専門知識を持ったパートナーと共に、税務戦略を練ることが成功の鍵となります。
　「いくらで売れるか」だけでなく、「いくら手元に残るか」を最大化するためにも、弁護士・税理士が一体となった専門家グループである当事務所にご相談ください。皆様の状況に合わせた最適な税務シミュレーションとM&A戦略をご提案し、理想の「出口」を実現できるよう、全力でサポートいたします。
　まずはお気軽にご相談ください。